《办法》对违规行为的处罚作了详细规定。对违反规定的机关工作人员，将视情节轻重，给予批评教育、口头效能告诫、通报批评、书面效能告诫等不同程度的处分。工作人员受到通报批评的，扣除当月各类考核奖金的50%，当年度考核不得定为称职以上等次；受到书面效能告诫的，告诫期内扣除各类考核奖金，当年度考核不得定为称职以上等次；受到党政纪处分的，除按规定进行处理外，扣除当年相应的各类考核奖金。单位主要负责人受到通报批评及以上责任追究的，该单位本年度不得评为目标管理责任制考核先进单位。对情节严重的，可建议引咎辞职、降职和辞退等；涉嫌违纪违法的，移送纪检监察机关、司法机关处理。